Интерьер храма преп. Пимена Великого в новых Воротниках безусловный шедевр Шехтеля – является единственным сохранившимся в первозданном виде церковным интерьером, спроектированным зодчим.
История храма преп. Пимена изобилует перестройками и обновлениями. Первый деревянный храм во имя Пимена Великого датируется 1658 годом. В 1696-1702 годах на его месте соорудили небольшую каменную одноапсидную церковь во имя Святой троицы с небольшой трапезной и южным приделом во имя Пимена Великого. Северный предел во имя иконы Владимирской Божией Матери, колокольня и обширная четырехстолпная трапезная, существующая и в настоящее время сооружены между 1796 и 1811 годами, ограда в 1825 году.
В 1879- 1883 г.г. церковь расширили путем удлинения боковых пределов на восток. Тогда же церковь расписали по образцу Владимирского собора в Киеве
В 1893 г. храм в очередной расширили, на этот раз удлинив к западу, из-за чего восточные части первого яруса колокольни вошли в состав первого яруса колокольни вошли в состав внутреннего помещения храме, который приобрел облик и размеры, сохраняющиеся до настоящего времени. В это же время начались работы по обновлению интерьера. В 1897 году Шехтель представил проект его новой отделки и создания новых росписей по образцу Киевского собора во имя святого Владимира. По эскизам Шехтеля воспитанниками Строгановского училища были выполнены фрески для храма Пимена Великого. Выполнение огромного объема работ стало возможным благодаря щедрым пожертвованиям одного из постоянных заказчиков Шехтеля, прихожанина храма Владимира Петровича Смирнова – представителя семьи водочных королей России.
В пространстве храма господствует сверкающей белизной мраморный иконостас с величественным изображением Богоматери с младенцем над ним.
Три отдельных иконостаса слиты в единую трехчастную композицию. Все три иконостаса, хотя и двухъярусные, но сравнительно невысокие. Ступенчатая форма иконостаса превращает его в подножие запрестольного образа Богоматери с младенцем – копию знаменитой композиции В.М.Васнецова Белая мраморная резная решетка отделяет солею от самого храма, акцентируя значительность предлагаемого пространства.
Наряду с редко используемым в России каменным иконостасом белый цвет мраморной алтарной преграды дополнен золотом. Изыскано просты и выразительны позолоченные решетки перед царскими вратами центральной части иконостаса и приделов. Изящны и красивы гладкие позолоченные плоскости киотов на станах и столпах храма. Золотые паникадила своим цветом также символически напоминают, что Бог есть Свет.
В храме 18 многофигурных композиций и 120 изображений святых. Такого обилия изображений удалось добиться за счет уменьшения их размеров и группировки фигур по две.
Огромная, являющаяся содержательным и композиционным ядром храма копия композиции Васнецова «Богоматерь Запрестольная» доходит до барабана купола. В своде купола представлен Богочеловек в окружении ангелов, серафимов и херувимов, благословляющий и несущий в мир Евангелие. На стенах церкви представлены сюжеты Ветхого завета, между окнами купола – изображения пророков.
В парусах купола трапезной помещены изображения евангелистов. Основание свода обрамляют изображения херувимов, а в центре свода помещено изображение Святого Духа.
В нижних частях стен, в простенках между окнами и на столбах помещены изображения святых, служивших Господу в земной жизни во имя жизни небесной. Это преподобные Антоний и Феодосий Печерские, основатели Киево-Печерской лавры, первые русские святые благоверные князья Борис и Глеб, митрополиты Московские Петр и Алексий, мученики князь Михаил и боярин Федор Черниговские, преподобные Сергий Радонежский и Савва Звенигородский, святители Тихон Задонской и Димитрий Ростовский и многие другие святые, чтимые русской православной церковью.
Под сводами находятся росписи на сюжеты евангельской истории. На правой стене начиная от солеи южного Пименовского придела представлены «Сошествие Святого Духа на апостолов и Богоматерь в Сионской горнице» и «Сретение Господне» — повторение оригинала Васнецова. Напротив, помещено «Крещение Господне» — копия известной композиции кисти Нестерова. Между ними, на западной стене – «Воздвижение Креста Господня».
В северном приделе, посвященном иконе Владимирской Божией Матери, западную стену занимает «Вход Господень в Иерусалим». Другие настенные росписи изображают события из жизни Божией Матери: Благовещение, Рождество Богородицы, Введение во храм и Рождество Христово. Росписи притвора представляют притчу о милосердном самарянине и добром пастыре.
Росписи трех алтарей изображают праотцев и святых первых веков христианства. Витраж центрального алтаря изображает «Воскресение Христово» во Владимирском приделе – «Моление о чаше» в Пименовском – Явление Христа Марии Магдалине. Над царскими вратами воссоздана композиция Васнецова «Распятый Бог — Сын» в окружении ангелов.
Иконы первого яруса иконостаса датируются в основном второй половиной XVII — началом XVIII века. В верхней части иконостаса в глубине мраморных арок – изображения двунадесятых праздников. В левом северном пределе иконы, посвященные праздникам Божией Матери, в центральной и правом южном пределе – праздники из жизни Спасителя.
Во втором ярусе иконостаса центрального алтаря представлены изображения двенадцати апостолов рост, обращенными к восседающему на престоле Спасителю. В левом пределе – сидящая Богоматерь с младенцем в окружении ветхозаветных пророков, возвещающих о рождении Сына Божия. В правом пределе представлена своеобразная параллель этой композиции: четыре пророка, предрекающие пришествие Христа в мир, обращены к Богу – Слову, изображенному с крестом и развернутой хартией.
Освящение мраморного иконостаса состоялось в октябре 1907 года, а 27 декабря того же года было совершено освящение храма в честь Святой Троицы и придела в честь иконы Владимирской Божией Матери при церкви преп. Пимена Великого в Новых Воротниках что в Сущеве.